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  • Seaborn per heatmaps?
    Forum >> Principianti
    Buongiorno,
    ho iniziato ad usare python da pochissimo e vorrei realizzare un heatmap che metta in relazione i miei genotipi con i dati quantitativi dei metaboliti. Tuttavia quello che riesco ad ottenere è una heatmap di correlazione (suppongo Pearson's corr) tra i soli metaboliti e quindi non è quello che voglio.




    I passaggi che ho eseguito sono




    importare pandas come pd

    importare seaborn come sns




    importare il mio file di input dati Data = pd.read_csv('nome file.txt', sep="\t")





    Data.columns Per indicizzare le colonne

    Data.dtypes





    Poi uso




    sns.heatmap(Data.corr(), annot=None, linewidth=0.5, cmap='ocean')




    oppure




    sns.clustermap(Data.corr(), z_score=1)




    Ma non ottengo quello che voglio.




    Il mio file input è organizzato nel seguente modo

    In Colonna 1 ci sono i Genotipi

    Da Colonna 2 a Colonna 34 ci sono metaboliti

    La prima Riga sono le etichette delle colonne




    Esempio





    Genotipi C00183 C00041 ...

    0 Genotipo1 T1 R1 0.001029 0.000648 ...

    1 Genotipo1 T1 R2 0.000823 0.000270 ...

    2 Genotipo1 T1 R3 0.000617 0.001105 ...

    3 Genotipo2 T1 R1 0.001388 0.002386 ...

    4 Genotipo2 T1 R2 0.000838 0.001811 ...

    5 Genotipo2 T1 R3 0.001937 0.002961 ...





    Grazie a tutti